De collecties van het Museum Vleeshuis vinden hun oorsprong in het Museum voor Oudheden dat reeds in de negentiende eeuw te Antwerpen werd opgericht. In 1863 lanceerde de toenmalige Provinciale Commissie voor Monumentenzorg het idee een museum te creëren om ervoor te zorgen dat het erfgoed van lokaal belang bewaard zou blijven voor de toekomst. Deze kunstcollectie kon eerst in het Steen bezichtigd worden.  In 1913 verhuisde de oudste collectie van de stad naar het Vleeshuis.

De verzameling is gekenmerkt door zijn diversiteit. Reeds sinds de opening werd de collectie opgebouwd rond kunstvoorwerpen van allerhande materialen en vormen. De instelling wou een zo breed mogelijk gamma tonen van de kunstproductie van de oudheid tot het begin van de twintigste eeuw. Het resultaat is dat de collectie Vleeshuis een zeer heterogene verzameling is geworden van een tachtigduizend stuks.

Het museum bezit echter zeer belangrijke verzamelingen metaal, ceramiek, iconografie, architectuuronderdelen en interieurelementen  … die van onschatbare waarde zijn voor het onderzoek naar de geschiedenis van onze streken. Bovendien zijn de affiches wereldwijd bekend en is de collectie archeologie een grote bron van informatie voor wetenschappers.  Deze deelcollecties zullen vanaf 2009 een plaats krijgen in het MAS en in de andere musea van de stad Antwerpen.